Étude des mécanismes de régulation transcriptionnelle impliqués dans l’hétérogénéité du cancer du sein au moyen de données de séquençage d’ARN de cellules uniques (scRNA-seq)

Marjolaine David, co-direction avec Sylvie Mader

L’hétérogénéité moléculaire du cancer du sein n’est pas due à des anomalies chromosomiques ou des mutations, qui touchent à la séquence primaire de l’ADN; elle est en majeure partie induite par des altérations épigénétiques, qui provoquent des dérégulations transcriptionnelles. Des études antérieures ont donc proposé que les sous-types moléculaires jusqu’ici identifiés aient pu être la manifestation d’arrêts à plusieurs stades de la différenciation épithéliale. C’est dans ce contexte que s’inscrit le projet de Marjolaine David, dont le but est d’étudier, grâce à des données de scRNA-seq, les régulations de facteurs de transcription clés contrôlant la différenciation cellulaire. La technologie du Drop-Seq ayant été introduite récemment dans le laboratoire, son objectif est également de fournir des lignes directrices pour la conception d’expériences de scRNA-seq et l’analyse computationnelle qui s’ensuit. Elle s’intéresse notamment à l’impact de la profondeur de séquençage sur la détection du signal biologique d’intérêt et à la performance de méthodes d’apprentissage automatique par rapport aux méthodes standards pour le traitement des données scRNA-seq.