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Le Lemieux-Lab

Bioinformatique & Recherches sur le cancer

Lemieux's Lab

Le Labo


L'axe de recherche principal du laboratoire de Sébastien Lemieux est centré autour de l'analyse des données -omiques, provenant des plateformes de séquençage génomiques à haut-débit et des criblages chimiques. À partir de ces données et des outils bioinformatiques actuels et des approches d'apprentissage machine, nous tentons de mieux comprendre le cancer chez l'humain. Nous développons de nouvelles techniques d'analyse permettant de rivaliser avec les méthodes d'analyse actuelles dans le domaine. Nos recherches sont autant fondamentales que cliniques, en cela que nous faisons avancer le domaine de la bioinformatique et de la science informatique tandis que nos percées dans le domaine de la cancérologie permettent des applications de traitement de la maladie. Notre équipe est très multi-disciplinaire, comptant parmi ses membres des biologistes, bioinformaticien.nes et des informaticien.nes. Le type de données analysées varient également beaucoup passant des criblages chemo-génomiques , des données de séquençage génomiques et transcriptomiques tout autant que les données provenant des plateformes de protéomiques de l'institut ou d'ailleurs. Toutes contribuent à nos analyses et permettent une vue riche et complète de la génétique du cancer.
Mots-Clés : Transcriptomique, Chemo-génomique, Protéomique, Bioinformatique, Apprentissage Machine, Developpement d'algorithmes Pipelines d'analyse , Sciences Informatiques

Membres


Sébastien Lemieux, PhD

Chercheur Principal

Diplômé de l'Université de Montréal en microbiologie, Sébastien Lemieux se tourne vers la bioinformatique en 1997 et complète sa maitrise et son doctorat dans la même université sous la direction de François Major. Après l'obtention de son doctorat en 2002, le jeune chercheur se dirige vers le secteur privé où il fait son post-doctorat chez Elitra Canada (maintenant Merck & Co) sous la tutelle de Bo Jiang. Il acquiert alors les habiletés en analyse de données de séquençage génomique à partir des données de micro-puce à ADN, et en intégration des données expérimentales grâce à l'informatique.

Il joint finalement les rangs de l'IRIC en 2005. En 2018 il est nommé prfesseur associé au département de biochimie et de médecine moléculaire de la faculté de médecine de l'Université de Montréal.

Lemieux's Lab

Assya Trofimov, MSc

PhD Student - Computer Science

Building an entirely data-driven, representation learning-based cell atlas

assya.trofimov _AT_ umontreal.ca
Assya Trofimov

Caroline Labelle, MSc

PhD Student - Bioinformatics

Using Bayesian inference to analyze dose-response experiment in the contexte of drug discovery (AML)

caroline.labelle _AT_ umontreal.ca
Caroline Labelle

Jeremie Zumer, MSc

PhD Student - Computer Science

Deep learning tools for MHC-I associated peptide identification from mass spectrometry and rna-seq data

jeremie.zumer _AT_ umontreal.ca
Jeremie Zumer

Leonard Sauve, Bsc

PhD Student - Bioinformatique

Identification de sous-types de cancer du sang (AML) en utilisant des techniques d'apprentissage automatique robustes aux Batch Effects a partir de donnees de sequencage transcriptomiques.

leonard.sauve _AT_ umontreal.ca
Leonard Sauve

Marjolaine David, BSc

MSc Student - Computer Science

Investigate breast cancer heterogeneity using scRNA-seq data

marjolaine.david _AT_ umontreal.ca
Marjolaine David

Maria Virginia Ruiz Cuevas, MSc

PhD Student - Bioinformatics

Detection of Cryptic protein source of MHC-I associated peptides

maria.virginia.ruiz.cuevas _AT_ umontreal.ca
Maria Virginia Ruiz Cuevas

Tom MacDougall, BSc

MSc Student - Computer Science

Improving The Prediction of Chemical Compound Efficacy Using New Molecular Representations and Machine Learning

tom.macdougall _AT_ umontreal.ca
Tom MacDougall

PUBLICATIONS


Articles du labo

[ 2019 ] Genetic characterization of ABT-199 sensitivity in human AML

Richard Bisaillon, Celine Moison, Clarisse Thiollier, Jana Krosl, Marie-Eve Bordeleau, Bernhard Lehnertz, Vincent-Philippe Lavallee, Tara MacRae, Nadine Mayotte, Caroline Labelle*, Genevieve Boucher, Jean-François Spinella, Isabel Boivin, Giovanni D’Angelo, Sylvie Lavallee, Anne Marinier, Sebastien Lemieux*, Josee Hebert, Guy Sauvageau
Leukemia

[ 2019 ] Enhancing the drug discovery process: Bayesian inference for the analysis and comparison of dose–response experiments

Caroline Labelle*, Anne Marinier, Sebastien Lemieux*
Bioinformatics

[ 2018 ] Towards the Latent Transcriptome

Assya Trofimov*, Francis Dutil, Claude Perreault, Sebastien Lemieux*, Yoshua Bengio, Joseph Paul Cohen
arXiv preprint

[ 2017 ] Warp: a method for neural network interpretability applied to gene expression profiles

Trofimov Assya*, Lemieux Sebastien*, Perreault Claude
arXiv preprint

[ 2016 ] myCircos: Facilitating the Creation and Use of Circos Plots Online

Caroline Labelle*, Genevieve Boucher, Sebastien Lemieux*
bioRxiv

[ 2016 ] Expression of immunoproteasome genes is regulated by cell-intrinsic and–extrinsic factors in human cancers

Alexandre Rouette, Assya Trofimov*, David Haberl, Genevieve Boucher, Vincent-Philippe Lavallee, Giovanni D’Angelo, Josee Hebert, Guy Sauvageau, Sebastien Lemieux*, Claude Perreault
Scientific reports

[ 2015 ] Differential features of AIRE-induced and AIRE-independent promiscuous gene expression in thymic epithelial cells

Charles St-Pierre, Assya Trofimov*, Sylvie Brochu, Sebastien Lemieux*, Claude Perreault
The Journal of Immunology

Contact Sébastien Lemieux


Lemieux's Lab

IRIC, Pavillon Marcelle-Coutu, 3306-9 , Montréal, Qc, Can

Phone: (514) 343-6111, p. 0635

Email: s.lemieux_at_umontreal.ca